1、减产严重。芝麻连作重茬往往造成减产的原因，就是它的根系会分泌出一种物质，这种物质在芝麻采收后还会遗留在土壤中，可以促进某些微生物繁殖和活动，加快土壤有机物的分解，提高土壤肥力，这对禾谷类作物极为有利，但是这些微生物对于芝麻和大豆等作物时极为不利的，所以不能连作。
2、加重病虫害。芝麻重茬还会使得病虫害加重，芝麻重茬会为地老虎、蛴螬等地下害虫创造最佳栖息繁殖场所，使得虫口数量逐渐摘，严重时会造成芝麻缺苗断垄。而且随着重茬的年份增加，病虫害也会逐年加重，减产幅度也会越来越大。
3、养分失调。芝麻时需肥较大的作物，重茬种植会导致养分失调，芝麻对氮钾元素需求较多，对于磷素较少，而且它的根系入土较浅，大多分布在20厘米土层内，种植年限一长，会导致那个土层内的养分严重失调，重茬减产严重。所以建议和其他作物轮作，比如豆科作物、粮食作物、棉花等，它们的根系可达不同的土层，对氮、磷、钾等肥料的需要量与芝麻也不同，豆科作物还具有固氮恢复地力的能力。和这些作物倒茬轮作，茎合理的利用土壤各土层养分，保持土壤养分均衡。
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